Deixar o computador logado com programas rodando é algo bastante rotineiro para mim. Uptimes de várias semanas não são incomuns.
No entanto, deixar o X ou um terminal aberto na sua ausência pode representar um risco de segurança e privacidade – alguém mal intencionado com acesso físico ao computador pode fazer um estrago bem grande se o encontrar logado na sua conta (ou pior, no root!